仲元楼展区有仲元楼与自然科学馆两个展馆。仲元楼原为仲元图书馆，是广州市文物保护单位。1930年代为纪念辛亥革命将领邓仲元而建，建筑采用中西合璧的装饰风格。仲元楼内展览《海贸遗珍——18-20世纪初广州外销艺术品》，展示馆藏牙雕、刺绣、丝织、广彩、外销画等外销艺术品，再现了18-20世纪初广州口岸对外贸易的繁盛。